政府采购是我国财政支出管理改革的重大举措之一，是深化财政改革、强化财政支出管理的重要内容，而政府采购信息化建设又是推进政府采购制度改革的关键环节。近年来，我国大部分省市在积极开展政府采购信息化探索和实践工作，并已取得积极成效，但在也面临一些新的问题。
        电子化政府采购基础薄弱。目前，我国政府采购电子化的法律不够完善，由于缺乏统一的法律依据，各地区电子化政府采购流程和规定差异比较大，规范程度也有差距；在政府采购基础信息库方面，没有统一的数据规范，各地商品行情库、供应商库、专家库、采购人、代理机构等基础数据库包含内容和编码规则不统一，使得跨区域信息共享和监管困难；此外，政府采购过程中的相关文件也多没有形成统一格式和范本，例如有的招标文件虽然设置了分值，但没有相应的评分标准，使得评标专家和采购人灵活度较大，在一定程度上影响了政府采购的公平、公正，为事后政府采购质疑和投诉埋下隐患。
        电子化政府采购业务协同难。由于信息系统建设缺乏统一规划，在政府采购信息化前期建设过程中，各部门和地区根据自身特点制订采购流程和采购规定，并在此基础上进行系统建设，导致各地、各级政府采购系统差异较大，给业务协同和监管带来一定障碍。政府采购管理涉及采购预算、采购计划、采购委托、采购需求确定、采购项目组织、专家抽选、网上招投标、公告、签订合同、验收、支付、备案、质疑及投诉处理、考核评价等多个环节，信息化建设也是逐步推进，由点到面，在这过程中，不可避免的出现了预算、采购、支付等系统分别由不同厂商承建的情况，而厂商之间天然的信息屏障使得各环节不能有机衔接，如预算和计划、采购和支付等系统之间数据不能共享和交换，在此情况下，管理人员不得不手工进行数据核对及支付处理，使得政府采购整体工作效率不能得到有效提高。
        电子化政府采购全面监管难。一方面，预算管理、采购管理、支付管理、资产管理等系统的分散建设，以及这些系统之间的信息壁垒给政府采购事前、事中和事后的全程监督带来障碍，当发现问题时不易追踪溯源；另一方面，上下级两套系统也给上级部门监管带来屏障，仅靠下级政府采购部门报送采购数据的单一数据来源方法，使上级部门无法直接获得真实、全面、准确、实时的下级政府采购数据，不能对下级政府采购形成有效监管，同时也影响到上级部门的科学决策。